核心知識產權不達標。根據《高新技術企業認定管理辦法》第三章第十一條第（二）款，企業須通過自主研發、受讓、受贈、并購等方式，獲得對其主要產品（服務）在技術上發揮核心支持作用的知識產權的所有權。核心自主知識產權主要依靠專利來判斷。專利分為發明、實用新型和外觀專利。部分企業存在以下問題：一是個別制造企業取得的專利為實用新型或外觀專利，無實質性產品制造工藝發明專利，高新技術含金量不高，無法長時間在一個行業或區域形成核心競爭力；二是企業專利取得多為外購，不經過消化吸收直接應用生產，基本沒有研發過程；三是專利受讓、受贈時間短，企業當年購買專利，憑借相關資料申報高新技術企業認定，很難證明購買的專利屬于“其主要產品（服務）的核心技術”。 

科技研發人員不明晰。根據《高新技術企業認定管理辦法》第三章第十一條第（ 四） 款，企業從事研發和相關技術創新活動的科技人員占企業當年職工總數的比例不低于10%。企業普遍存在以下問題：一是科技人員工作時間難確認。企業聯合外地科研單位外聘科研人員時，難以判斷外聘人員是否符合到崗規定天數的時間要求。二是研發人員身份難確認。企業申報材料中有研發人員同時兼企業管理人員，此類人員是否參與研發活動或是否具備科研技能難判別。三是企業研發人員比例不正確。部分企業申報高新技術企業認定時，瞞報或少報生產人員總數，以求研發人員比例達到標準。四是企業生產人員的范圍不正確。企業申報時是否將未參加社會保險人員算作生產人員納入高新技術企業計算基數，直接影響企業研發人員的比例是否符合要求。 

產品營銷管理不合規。根據《高新技術企業認定管理辦法》第三章第十一條第（ 六） 款，企業近一年的高新技術產品（服務）收入占企業同期總收入的比例不低于60%。部分企業存在以下問題：一是發票不開具高新產品名稱，銷售收入歸集難。高新技術產品銷售開票項目只寫統稱，僅在規格欄中注明代碼，發票對應的銷售收入難鑒別是否屬高新產品。二是發票、銷售明細賬上貨物名稱難確定是否為高新產品。申報產品使用專用術語，企業發票、明細賬使用通用名，難以確定兩者是否一致。三是產品貼其他企業商標。部分集團性企業的產品商標使用集團企業產品商標，難確認是否符合規定。四是企業總收入范圍難確定。企業總收入范圍是否包括其他業務收入、營業外收入，在實際執行中認定存在分歧。五是銷售收入數據不正確。高新產品銷售收入與納稅人日常申報資料數據不一致，個別企業數據差異較大。 

研發費用核算不獨立。根據《高新技術企業認定管理辦法》第三章第十一條第（ 五） 款，企業近三個會計年度或實際經營時間的研究開發費用總額占同期銷售收入總額的比例達到一定標準；根據國家稅務總局關于企業研究開發費用稅前加計扣除政策有關問題的公告（ 國家稅務總局公告［2015］ 第97 號），企業應按照國家財務會計制度要求，對研發支出進行會計處理。研發項目立項時應設置研發支出輔助賬，由企業留存備查；年末匯總分析填報研發支出輔助賬匯總表，并在報送《年度財務會計報告》的同時隨附注一并報送主管稅務機關。部分企業存在以下問題：一是研發費用未單獨分開核算和專賬管理。在科目設置上單獨設置研發支出，也未對研發項目進行相應的費用歸集。二是研發費用的歸集數據不正確。主要表現在研發人員的工資計算歸集不正確。三是研發與生產不能區分。部分企業未設置研發部門，企業投入的材料等直接領用到生產一線，投入產品生產，這些投入是否屬研發投入無法鑒別。四是研發費用非企業歸集。部分企業申請高新技術企業認定時，申報工作由專門部門負責，財務部門不參與，申報資料上的數據在財務部門無法核實。